对生物发酵罐进行灭菌前，一般要对与生物发酵罐连接的空气过滤器进行蒸汽灭菌，并用空气吹扫。对罐体进行灭菌时，先将进料管内的废水排干、冲洗干净，再将配好的营养培养基泵入发酵罐内，开动搅拌器进行灭菌。
生物发酵罐灭菌，先打开各出口阀门，向夹套或盘管内注入蒸汽预热，待罐温升至80~90℃时，逐渐关闭出口阀门。然后通过进气口、出气口、取样口向发酵罐内直接注入蒸汽，使罐温升至118~120℃，发酵罐内压力保持在0.09~0.1MPa(表压)，维持30分钟左右。
空发酵罐的灭菌就是对发酵罐罐体的灭菌。空气灭菌时，罐内压力一般维持0.15~0.2MPa，罐温为125~130℃，维持时间30~45分钟；总蒸汽压力应不低于0.3～0.35MPa，单次蒸汽压力应不低于0.25～0.3MPa。
就地灭菌即生产中不改变罐体 牙买加电报放映 结构进行的灭菌，一般采用在线蒸汽灭菌。离线灭菌可以理解为把发酵罐拆下来进行灭菌，小型的发酵罐可以移到灭菌箱内进行灭菌。
重要参数控制
pH
在发酵过程中，微生物细胞的繁殖、生长及副产物的产生都依赖于pH，因此发酵液的pH值是发酵过程中的重要参数之一。为了保证微生物能在最适pH范围内繁殖生长并最终合成目标代谢产物，必须严格控制发酵过程中的pH值。
溶解氧 (DO)
溶解氧是微生物及细胞发酵过程中好氧发酵体系的关键参数之一，直接影响发酵生产的稳定性和成本。氧气在水中溶解度很差，实验室发酵罐中的发酵液和微生物代谢产物在发酵过程中降低了氧气的溶解度。因此溶氧控制不但可以增加发酵中有益代谢产物的含量，也是实验中降低成本、提高效率的好办法。